MAN 2 Ponorogo adalah alih fungsi dari PGAN Ponorogo pada tanggal 1 Juli 1992, Dalam upaya meningkatkan mutu pendidikan di MAN 2 Ponorogo terdapat kerjasama yang sangat baik antara siswa, tenaga pendidik, tenaga non kependidikan dan komite dengan perannya masing-masing. MAN 2 Ponorogo merupakan salah satu madrasah aliyah negeri di Kabupaten Ponorogo yang berkualitas. Dengan mengusung visi Religius, Unggul, Berbudaya,dan Integritas (RUBI), MAN 2 Ponorogo dipercaya oleh Kementerian Agama sebagai:

• Madrasah Unggulan Akademik Nasional dengan SK Dirjen Pendis nomor 1834 Tahun 2021. 
• Madrasah Riset dengan SK Dirjen Pendis Nomor 6989 Tahun 2019
• Madrasah SKS (Sistem Kredit Semester) dengan SK Dirjen Pendis Nomor 6633 Tahun 2019
• Madrasah Plus Keterampilan dengan SK Dirjen Pendis Nomor 6985 tahun 2018

MAN 2 Ponorogo terus menunjukkan eksistensinya sebagai madrasah unggul di Jawa Timur. Hal ini dibuktikan dengan torehan prestasi sebagai berikut: 

• Top 1000 UTBK Tahun 2022 nomor 630 dari 23.657 SLTA se-Indonesia.
• 6 (enam) peserta didik mendapatkan beasiswa luar negeri lewat Program Beasiswa Indonesia Maju (BIM)

Prestasi MAN 2 Ponorogo sangat beragam dalam berbagai bidang baik akademik maupun non akademik di tingkat lokal hingga internasional . Bukan hanya itu saja, terbukti sebaran alumni MAN 2 Ponorogo banyak diterima di Perguruan Tinggi Negeri Favorit dalam maupun luar negeri.

MAN 2 Ponorogo mulai tahun pelajaran 2020/2021 secara penuh menerapkan Sistem Kredit Semester (SKS) By School, artinya MAN 2 Ponorogo memberi kesempatan kepada seluruh peserta didik bisa memilih lulus 2 atau 3 tahun.